Neposeljeni otok z le nekaj rastlinja in uvalami je bil po drugi svetovni vojni strah in trepet političnih zapornikov. Po 2. svetovni vojni so ga leta 1946 jugoslovanske oblasti spremenile v strogi zapor, po letu 1948 pa so vanj zapirali predvsem informbirojevce oz. tiste, ki so simpatizirali s Stalinom, za rešetkami pa so končali tudi drugi člani Komunistične partije.

Na "udaru" informbirojevci
Po sporu s Stalinom je Tito ukazal politične nasprotnike zapreti v posebno taborišče, slovenski politik Edvard Kardelj pa je predlagal Goli otok. Po Titovem ukazu so od leta 1948 do 1963 aretirali 55.633 ljudi in po podatkih Udbe za osrednjo Jugoslavijo so jih več kot 14.000 poslali na Goli otok. Od tega jih je bilo 7.235 Srbov, 3.341 Črnogorcev, 2.586 Hrvatov, 882 Makedoncev in 555 Slovencev. Med zaporniki so bile tudi ženske.

Vojaška sodišča so jih na večletno kazen obsodila 5.024, še 11.650 so jih administrativno kaznovali do enega leta zapora, saj so jih tja pošiljali komiteji komunističnih partij. Od vseh aretiranih je bilo 21.818 udeležencev NOB-ja, 9.234 profesorjev, učiteljev, zdravnikov, intelektualcev, 5.081 delavcev in kmetov, 4.008 študentov in dijakov. Zapornike so na otoku mučili, ječarji so jih fizično in psihično zlorabljali, poleg tega pa so morali tudi prisilno delati v kamnolomu.

V zaporu, ki je bil poleti izpostavljen hudi vročini, pozimi pa neizprosni hladni burji, pa niso končali le politični zaporniki, temveč so se v njem znašli tudi tisti, ki so zagrešili manjša kazniva dejanja, in mladoletniki. Po drugi strani so oblasti tiste, ki so politične nasprotnike izdajali, nagrajevali: leta 1953 jih je bilo 36 razglašenih za narodne heroje, nekateri pa so postali tudi visoki diplomati.

To sicer ni bilo prvič, da so na otok zaprli jetnike: vse do 1. svetovne vojne na Golem otoku ni bilo nobenih naselij, potem pa je Avstro-Ogrska zgradila taborišče za ruske zapornike z vzhodnih bojišč.

Najbolj prepoznavni zaporniki
Med najbolj prepoznavnimi zaporniki so bili Andrej Aplenc, slovenski novinar, Dragotin Gustinčič, slovenski politik, Tine Logar, slovenski lingvist, Vlado Davpčević, črnogorski politik, Venko Markovski, bolgarski politik, Vlado Dijak, bosanski pisatelj, Šaban Bajramović, srbski romski glasbenik, Nikola Kljusev, makedonski politik, ki je pozneje postal prvi premier samostojne Makedonije, in številni drugi. V literaturi se je teme Golega otoka lotilo več avtorjev. Markovski je v ZDA izdal knjigo Goli Otok - The Island of Death, Branko Hofman je napisal delo Noč do jutra, Drago Jančar pa roman Brioni.

Potem ko je Jugoslavija izboljšala svoje odnose s Sovjetsko zvezo, je Goli otok prešel pod jurisdikcijo takratne socialistične republike Hrvaške, kar sicer ni bilo pogodu zveznim jugoslovanskim oblastem. Leta 1988 so zapor zaprli, dokončno pa ga izpraznili leta dni pozneje. Od tedaj otok obiskujejo le turisti in pastirji z Raba, ki včasih pripeljejo ovce na pašo.